Могут ли другие программы или скрипты управлять MDM?

Да. MDM поддерживает привычные параметры командной строки IDM, поставляется с misterdownloadmanager-cli для загрузок из терминала и имеет локальный API автоматизации, защищенный токеном, который может перечислять, приостанавливать, запускать и удалять загрузки. API отключен, пока вы его не включите. См. Командная строка и автоматизация.