他のプログラムやスクリプトでMDMを制御できますか？

はい、できます。MDMはIDMでおなじみのコマンドラインスイッチに対応しており、ターミナルからダウンロードするためのmisterdownloadmanager-cliが付属しています。また、ダウンロードのリスト表示、一時停止、開始、削除ができる、トークンで保護されたローカルの自動化APIも備えています。このAPIは、有効にするまでオフになっています。コマンドラインと自動化をご覧ください。