Как его удалить?

Откройте Параметры → Приложения Windows, найдите Mister Download Manager и выберите Удалить. Деинсталлятор спросит, следует ли также удалить ваш список загрузок и настройки. Загруженные вами файлы никогда не затрагиваются. Для портативной копии удалите её папку.